本系於民國四十六年四月十七日經教育部核准設立，同年八月一日正式成立，於九月招收第一屆新生，是全國第一所私立牙醫學系院校，成立迄今已逾六十年為歷史悠久之學系。

創系以來，在首任主任郭宗波教授及歷任主任的領導下，稟承優良傳統，嚴守「樂學至上，研究第一」的校訓、「堅忍自強，勵學濟世」的精神，推動「在既有堅實的基礎上融新匯舊」、「教學卓越，研究創新，優質人文，社會關懷」的共同願景，由原來六年制牙醫學系為基礎，發展茁壯成長，先後設立牙醫學研究所碩士班（民國74年）、博士班（民國79年）、口腔衛生研究所碩士班（民國82年）、口腔衛生學系（民國90年），並整合以上各相關系所於民國八十八年隨學校改制成大學而成立口腔醫學院。其中牙醫學研究所碩、博士班，暨口腔衛生研究所碩士班為培育高等研究人才而設。另設有牙醫學系碩士在職進修專班（民國88年）、口腔衛生研究所（民國89年）碩士在職進修專班為普及進修推廣教育並培養臨床專業人才。

民國74年本系所設立國內第一所牙醫學碩士班，於民國86年規劃為八個學組(齒顎矯正學組、兒童牙科學組、牙周病學組、牙體復形學組、牙髓病學組、口腔顎面外科學組、贗復牙醫學組、口腔病理學組)，並訂定核心課程，使其能融合臨床訓練，畢業生除有能力進行教學，及在學術機構作研究外，亦是經過高水準訓練的牙醫學專科醫師。

為使牙醫之研究有更高層次的提昇，於民國79年成立國內第一所牙醫學博士班，另外對於具牙醫師資格者更提供專業的臨床訓練，除了使其能成為高級的研究人才外，亦是臨床各專科的專家學者。博士班畢業生希望能在做基礎或臨床研究外，亦具有指導研究的能力。本系為了使畢業在職牙醫師有繼續進修的機會，於民國88年成立國內第一所碩士在職專班，對於牙醫學系畢業後的牙醫師提供臨床上更進一步再訓練的機會，其訓練課程包括審美牙醫學、植體醫學、牙周補綴、全口復健的全能牙醫學課程及臨床上實際訓練。

高雄醫學大學創校以來，在首任董事長陳啟川先生，院長杜聰明博士及歷任董事長的領導下，稟承優良傳統，嚴守校訓「樂學至上，研究第一」，推動「在既有堅實的基礎上融新匯舊，重新塑成一所著有名聲領袖群倫的國際性一流大學」、「教學卓越，研究創新，優質人文，社會關懷」的共同願景。而本系乃是要「培育兼具專業創新、終身學習、人文素養、社會關懷和團隊精神的口腔醫學人才」。並且，因應校務發展的計劃與需求，本系樹立行動方針與實施措施，落實並達成本校、本院與本系的教育目標。